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2015年9月1日起，化肥生产销售和进口恢复征收增值税，同时保留了有机类肥料国内生产销售的增值税免税优惠政策。根据财政部的解释，政策的目的是为了优化用肥结构，促进农业可持续发展。
有机肥类产品免征增值税始于2008年6月1日，包括有机肥料、有机-无机复混肥料和生物有机肥三种肥料。依据是财政部与国家税务总局于2008年4月29日下发的《关于有机肥产品免征增值税的通知》（财税〔2008〕56号），对纳税人生产销售和批发、零售有机肥料、有机-无机复混肥料和生物有机肥免征增值税。这三种有机类肥料申请办理免税时，必须提供有效期内的肥料登记证、产品质量检测报告，异地销售的还要提供肥料登记备案证明。2008年12月10国家税务总局在《关于有机肥产品免征增值税问题的批复》（国税函[2008]1020号）中明确规定，享受免税政策的有机肥产品是指执行农业行业标准NY 525的有机肥料、执行GB 18877国家标准的有机-无机复混肥料和执行农业行业标准NY 884的生物有机肥；其他不符合上述标准的产品，不属于财税〔2008〕56号文件规定的有机肥产品，应按照规定征收增值税。
用价格、财税政策引导有机类肥料替代部分化肥，有助于实现农用化肥零增长、减量增效。更重要的是，这种化肥和有机肥的差别化政策，有助于解决农业有机废弃物的资源综合利用问题，以减轻畜禽粪便等废弃物造成的农业面源污染。根据2010年国家统计局、环境保护部、农业部联合发布的《第一次全国污染源普查公报》，农业源污染中的畜禽养殖业化学需氧量和总磷两种污染物排放量分别占总排放量的41.9%和37.9%，远超过工业源污染和化肥施用养分流失；在总氮污染物排放方面，种植业的化肥养分流失和畜禽养殖业排放分别占全国总排放量的33.8%和21.7%。2015年初以来，为了完成中央农村工作会议提出的减少化肥不合理施用的要求，农业部出台了《到2020年化肥使用量零增长行动方案》。国务院印发的《关于印发水污染防治行动计划的通知》（国发[2015]17号）、《关于加快转变农业发展方式的意见》（国办发〔2015〕59号）和农业部印发的《关于打好农业面源污染防治攻坚战的实施意见》（农科教发[2015]1号）都要求，种植业要减施化肥，提高化肥利用率，用农业有机废弃物制成有机类肥料替代部分化肥。
取消化肥优惠政策，可以让化肥价格适当回升，有利于化肥减量施用和减量增效施肥技术的推广；保留有机类肥料的优惠政策，有利于有机肥部分替代化肥。此次，国家停止化肥免征增值税优惠政策，同时保留《关于有机肥产品免征增值税的通知》（财税〔2008〕56号）继续有效，有利于鼓励有机肥的生产和使用，优化用肥结构，促进农业可持续发展。这是继2015年2月化肥与有机肥差别化铁路运价政策（化肥执行4号高运价，而有机类肥料仍执行2号运价）之后，国家出台的又一项有机肥倾斜政策。
